Уже в кон. XVI — пер. пол. XVII в. в среде монгольских феодалов появляется ряд крупных фигур, носителей духовного звания, сыгравших значительную роль в истории распространения и утверждения буддизма в Монголии. Это Нэйджи-тойн (1557—1653); ойратский Зая-пандита Намкай-Джамцо (1593—1662), Богдо-гэген Дзанабадзар (1635—1723). Последний стал главой буддийской сангхи Монголии и, благодаря исключительному художественному дарованию, вошел в труды европейских историков как «Микеланджело Азии». Однако традиции Сакья и Кагью тоже практиковались, несмотря на то, что они не были признаны официально. В некоторых небольших монастырях продолжали практиковать традицию Ньингма, однако её истоки не ясны: происходит она от тибетских традиций собственно школы Ньингма или же от практик Ньингма, восходящих к «Чистым видениям» Далай-ламы V. Первоначальный стиль возведения тибетских монастырей возник в конце XVI века. при постройке монастыря Эрдэни-Дзу на месте древней столицы Каракорум. С тибетского языка на монгольский были переведены полные собрания текстов Ганджур и Данджур.В Монголию из Тибета перешла традиция монастырской жизни, причём крупные монастыри были единственными оседлыми поселениями на большей части территории страны, важнейшими центрами образования, ремесла и торговли. Появились монгольские учёные, которые писали комментарии к буддийским текстам иногда на монгольском, но большей частью на тибетском языке.
Линия перерождений тибетского мастера Таранатхи стала известна как линия Богдо-гэгэнов, или Чжэбцун-дамба Хутухт, которые стали традиционными главами буддизма в Монголии. Их резиденция находилась в Урге (ныне Улан-Батор). С течением времени тибетский буддизм несколько приспособился к условиям Монголии. Например, 1-й Богдо-гэгэн Дзанабазар (вторая половина XVII века — начало XVIII веков) создал специальную одежду монгольских монахов для ношения главным образом в свободное от выполнения церемоний время. На основе ланцза он разработал для монгольского языка и транслитерации тибетских и санскритских мантр и тантр алфавит соёмбо (использовался наряду с уйгуро-монгольской письменностью).
С кон. XVI по кон. XVIII в. было принято более 20 законодательных актов, преследующих шаманство и оказывающих законодательную поддержку новой религии. Тем самым состоялось её официальное признание. Однако по-настоящему буддизм в Монголии закрепил свои позиции тогда, когда сумел войти в контакт с народными верованиями монголов, которые помимо шаманства включали в себя следующие культы: Вечного Синего Неба, Матери-земли, ландшафтных божеств (духов — хозяев гор, озер и др. местностей), огня (богини огня, хозяйки домашнего очага), промысловые культы (охотничьи, скотоводческие) и специфический для Монголии культ Чингис-хана как духа-предка и покровителя всего монгольского народа. Все они прошли соответствующую «обработку» буддизмом и после некоторой трансформации и адаптации, сохранив почти неизменным и свой традиционный облик и место в системе мировоззрения народа, вошли в состав буддийской культовой практики. Этот процесс продолжался более двухсот лет, и вряд ли его можно было считать законченным даже к началу XX в., ибо ни народное мировоззрение монголов, ни буддизм в целом не обладали стабильностью и замкнутостью завершённых систем и были доступны различным ритуальным нововведениям.
Роль буддизма в истории Монголии неоднозначна. С одной стороны, к нач. XX в. в стране насчитывалось 747 больших и малых монастырей и кумирен и около 100 тыс. монахов, что приблизительно составляло треть мужского населения страны[2], в каждой семье один из сыновей непременно становился буддийским монахом, мощная прослойка религиозных феодалов владела большим количеством скота и крепостных-шабинаров — это было одной из причин застойного характера экономики страны.
С другой стороны, монастыри были единственными центрами просвещения, накопления и развития научных знаний в стране. При них работали коллегии переводчиков, переводивших с тибетского и китайского языков на монгольский не только каноническую религиозную, но и светскую литературу; скульптура, живопись и значительная часть ремесел были сосредоточены в монастырях, и собственно художественный канон также преподавался в монастырях. Среди деятелей монгольского просвещения можно назвать имена лам — философов Агванхайдава, Агван-Балдана, внёсших существенный вклад в развитие буддийской мысли, одного из создателей монгольской художественной литературы писателя Инджиннаша и др.
В ряде значительных по территории регионов Монголии монастыри были единственными оседлыми городскими центрами, функционируя как города, с административными и судебным функциями, с группирующимися вокруг них ремесленными и торговыми центрами.
